690年,张星曜开始编撰纪传本末体史书《通鉴纪事本末补后编》,长达一千七百余页。其主要内容为:历代君臣奉佛之祸;佛教事理之谬;佛徒纵恶之祸;儒释异同之辨;禅学乱正之失;历代圣君贤臣辟佛之正;历代君臣求仙奉道之祸;道士纵恶之祸;儒老异同之辨;历代圣君贤臣辟老之正。意在“取佛老妄诞者辨之”。其基本体例格式如下:
《补后编》收录了自汉以降的297位“性理诸儒”的言论,其中尤以明代为最,计116位;其次宋代有68位;而清初亦有22位,点滴汇为汪洋,历代诸儒的真知灼见亦得彰显。该书围绕性理之辨,从各个角度展开论辩,无论是对于佛教思想史,还是儒学思想史都具有重要的研究价值。尤为特别的是,张星曜的指导思想是不以“官秩崇卑为轻重”,还特别引用了一些“隐而未仕者及虽仕而居下僚者”的言论,这些名不见经传的儒者的思想今已难考,但在这本书里被很好地保存了下来,因而极大丰富了明清思想史的研究范畴。书中亦提到张星曜交游与门生姓氏达70余人,这些人以杭州为中心分布于浙、陕西、甘肃、直隶、盛京以及满洲等地区,对研究明末清初的基督徒儒者群体尤有重要的借鉴价值。